自然资源部南海局是履行南海海区海洋自然资源工作的派出机构,机构规格为正司局级,驻地广州,所辖区域包括广东、广西、海南3个省(区)沿海毗邻的我国管辖海域。
南海局设13个内设机构:办公室、海洋自然资源管理处、海域海岛管理处(海洋国土空间规划处)、海洋生态修复处、海洋自然资源调查与科技处、海洋预警监测处、海洋督察室、安全生产处(船舶管理处)、财务与资产管理处、人事处、离退休办公室,并设机关党委办公室和机关纪委办公室。
南海局下属14家事业单位,包括南海局保障中心(副厅级)、南海生态中心、南海预报减灾中心、南海调查中心、南海发展研究院、南海海域海岛中心、南海局机关事务中心,以及汕头、深圳、珠海、湛江、北海、海口、三沙7个海洋中心。